Добрый вечер
.
Начинать изучение языка я бы рекомендовал с учебников для начинающих, а программы использовать как вспомогательный материал.
Произношения, записанные большими буквами, это т.н.
онные чтения иероглифа. По онам он чаще всего читается в иероглифических сочетаниях из двух и более иероглифов (такие сочетания называются
канго - "китайские слова"). Например 土木 DOBOKU. Онных чтений может быть несколько. В каких случаях какие чтения используются зависит от значения иероглифа. Эти знания приобретаются только с практикой.
Произношения, записанные маленькими буквами, называются кунными чтениями. От слова "
кун" - "толкование иероглифа". Эти чтения являются исконно японскими. Кунные чтения состоят из одного иероглифа, несущего лексическое значение - корень, и служебных частей речи - окончаний и т.п., которые записываются азбукой хирагана. Например 始める Хадзимэру ("начинать") - это кунное произношение иероглифа 始, причём корень ХАДЗИ записан самим иероглифов, а окончание МЭРУ - азбукой. Если вы видите иероглиф в тексте посреди хираганы, то в большинстве случаев он читается по куну.